Les défenseurs de la nature voient parfois d'un mauvais œil la création d'une voie verte (RAVeL en Wallonie) car cela peut signifier une perte pour la faune et la flore locales. Toutefois, il n'est pas impossible de préserver au maximum ce qui existe ou de compenser à proximité une perte éventuelle de biodiversité.
Les voies de chemins de fer désafectées, avant leur reconversion en RAVeL, constituent souvent des couloirs écologiques pour les espèces animales. À cela s'ajoute que le ballast est un habitat unique pour les reptiles, qu'ils ne peuvent que difficilement retrouver ailleurs. Des espèces végétales rares profitent aussi des anciens talus ferrés pour se développer.
Mais ce n'est pas parce ces écosystèmes sont intéressants et fragiles qu'il faut nécessairement renoncer à y créer des voies vertes (en soi très écologiques aussi). On peut sérieusement diminuer les effets négatifs des chantiers en les organisant à certaines périodes de l'année uniquement (hors nidification par exemple), en préservant les talus, en conservant la partie ferrée, en déplaçant le ballast à côté de la voie verte...
Pour certaines espèces animales ou végétales, il est possible de recréer un milieu propice à proximité de la voie verte, voire enjamber une mare qui s'est créée suite à l'abandon du chemin de fer. Ce qui peut se faire avec des ouvrages d'art comme des caillebottis (sur la ligne L98a à Honnelles). Ou une déviation du tracé du RAVeL, qui est acceptable si elle est de qualité équivalente (pentes, revêtement).
Comme cela a été démontré lors du colloque des vingt ans du RAVeL, les intérêts écologiques et de la mobilité active ne sont pas mutuellement exclusifs. On ne peut certes pas tout préserver à l'identique, mais on peut ménager intelligemment la biodiversité qui s'est créée à ces endroits depuis la fin du rail.